コミューター航空事業は、客席数が１００席以下かつ最大離陸重量が５０トン以下の航空機で定期的旅客輸送を行うもので、従来、離島路線などで多く見られました。
近年では少量輸送であっても高速性にすぐれた質の高い交通手段として、鉄道やバスでは移動に時間を要し、かつ、比較的需要の少ない都市間を結ぶ地域の交通機関として、活躍の場が広がっています。
管内では、次の定期運送事業者により伊豆諸島や全国各地へ路線が開設されています。
- 新中央航空株式会社
- 東邦航空株式会社
- 株式会社北海道エアシステム
- アイベックスエアラインズ株式会社
- 株式会社フジドリームエアラインズ
定期航空運送事業を行う事業者のうち、客席数100席以下かつ最大離陸重量50トンを超えない航空機を使用して行う事業者で、本社所在地が東京航空局管轄にある事業者は以下のとおりです。
※路線は2023年夏期運航計画（当初）によるものです。
| 事業者名 | 使用機材 | 主な路線 |
|---|---|---|
| 新中央航空(株) | Dornier 228-212型 (19席) | 調布～大島、調布～新島、調布～神津島、調布～三宅島 （計4路線） |
| 東邦航空(株) | シコルスキー式S-76C型 (9席) レオナルド式AW139型 (9席) |
八丈島～青ヶ島、八丈島～御蔵島、御蔵島～三宅島、三宅島～大島、利島～大島 （計5路線） |
| (株)北海道エアシステム | ATR式42-500型 (48席) | 丘珠～釧路、丘珠～函館、丘珠～三沢、丘珠～利尻、丘珠～奥尻、丘珠～女満別、函館～奥尻 （計7路線） |
| アイベックスエアラインズ(株) | ボンバルディア式CL-600-2010型 (70席) | 仙台～中部、仙台～伊丹、仙台～新千歳、仙台～広島、仙台～福岡、中部～大分、中部～福岡、伊丹～福島、伊丹～福岡、伊丹～新潟、伊丹～大分、伊丹～鹿児島、福岡～新潟 （計13路線） |
| (株)フジドリームエアラインズ | エンブラエル式ERJ170-100-STD型 (76席) エンブラエル式ERJ170-200-STD型 (84席) |
小牧発着（青森、花巻、山形、新潟、出雲、高知、福岡、熊本、丘珠）、静岡発着（新千歳、丘珠、出雲、福岡、熊本、鹿児島）、松本発着（丘珠、新千歳、神戸、福岡）、神戸発着（青森、花巻、新潟、高知）、山形～新千歳、仙台～出雲、中部～高知、福岡～新潟 （計27路線） |